提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
中国气象局:气象预警信息公众覆盖率达97.67%******
中新网1月9日电中国气象局新闻发言人宋善允9日介绍,中国气象局在101个大城市开展内涝气象风险监测预警业务。建成汇集了17个部门82类预警信息的国家突发事件预警信息发布系统和终端服务矩阵,可在3至8分钟内到达应急责任人。面向150万快递小哥、200万卡车司机提供定制化预警信息。预警信息公众覆盖率达97.67%。
中国气象局9日召开新闻发布会,发布《2021年中国温室气体公报》、2022年12月全国天气气候特征、2023年1月气候趋势预测气象服务提示、2022年国内国际十大天气气候事件、2022年全国天气气候盘点等相关内容,并回答记者提问。
会上,宋善允介绍,3年来,中国气象局加快推进气象现代化建设,努力构建科技领先、监测精密、预报精准、服务精细、人民满意的现代气象体系,推动气象高质量发展取得显著成效。
筑牢气象防灾减灾第一道防线,保障生命安全更加有力。深入开展“人民至上、生命至上”实践活动,成功预报有效应对近年来历次超强台风、特大暴雨洪水、低温雨雪冰冻、极端高温干旱等灾害性天气,气象灾害造成的经济损失占GDP比例下降至0.29%。不断健全“党委领导、政府主导、部门联动、社会参与”的气象防灾减灾工作机制,推动各地建立以气象灾害预警为先导的应急联动机制,探索极端天气下“停工、停课、停业、停产、停运”机制和预警叫应机制。在101个大城市开展内涝气象风险监测预警业务。建成汇集了17个部门82类预警信息的国家突发事件预警信息发布系统和终端服务矩阵,可在3至8分钟内到达应急责任人。面向150万快递小哥、200万卡车司机提供定制化预警信息。预警信息公众覆盖率达97.67%。
主动融入赋能,气象保障“国之大者”和生产发展成效更加凸显。2022年,全年粮食单产、总产预报准确率达99.9%,创近五年新高。联合农业农村部发布农业气象灾害风险预警,减灾增收30亿斤粮食。联合公安、交通部门推进108条恶劣天气高影响路段交通气象预警工作,督办路段全年交通事故同比下降43.6%,道路封闭次数降低57%,提升经济效益约24亿元。
坚持以人民为中心,气象改善民生福祉更有温度。气象服务公众覆盖率达99%,气象影视服务覆盖人群超10亿,气象科学知识普及率达80.2%,公众满意度达93分,群众气象服务获得感、幸福感和安全感明显增强。
坚持绿水青山就是金山银山理念,气象支撑生态文明建设作用更加显著。2022年全国人工影响天气累计增加降水约398亿吨,人工防雹作业保护面积约65万平方公里,减少经济损失约141亿元。
坚持胸怀天下,气象国际影响力进一步彰显。将“气象防灾减灾第一道防线”和“监测精密、预报精准、服务精细、生命安全、生产发展、生活富裕、生态良好”写入世界气象组织《未来的国家气象水文部门》白皮书,将“防灾减灾第一道防线”理念纳入台风委员会2022—2026年战略计划,中国方案走向全球。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)